בגיל 16 נשא לאישה את רחל למשפחת יצחקי, ובשנים הראשונות לאחר נישואיו המשיך לעסוק בתורה. תוך כדי לימודיו החל להימשך לעסקנות, והוא נמנה על מייסדי חברת "ביקור חולים" (בשנת תרל"ט – 1879), אשר ייסדה את בית החולים משגב לדך בירושלים. הרב מאיר שימש כגבאי הראשי של החברה. 

בשנת תרמ"ח (1888) נבחר הרב מאיר לוועד העדה הספרדית, והתמנה כחבר בית הדין של הרב יעקב שאול אלישר, רבה של ירושלים. כחבר הוועד הוא סייע בהקמת שכונות, כגון: עזרת ישראל, ימין משה ושכונת הבוכרים.

הרב מאיר פעל לקירוב עדות הספרדים והאשכנזים, ואחת מפעולותיו בעניין הייתה הקמת אגודה בשם "התאחדות", המורכבת מספרדים ואשכנזים, ובהשתדלותם הוכר הרב נפתלי הירץ הלוי כרבה של יפו. הרב מאיר אף סייע להקמת בית החולים "שערי ציון" בעיר יפו.
הרב מאיר גם שם לו למטרה להחיות את הלשון העברית ולהפיצה. לשם כך הוא ייסד יחד עם הרב חיים הירשנזון את חברת "שפה ברורה", אליה הצטרפו מאוחר יותר אליעזר בן יהודה וחבריו. חברה זו הסתובבה בבתי הספר, ב"חדרים" ובישיבות, לימדה עברית ועודדה את לימוד השפה. הרב מאיר גם היה חבר בהרכב הראשון של ועד הלשון העברית, הגוף שלימים הפך לאקדמיה ללשון העברית.

לאחר פטירת הרב אלישר, התמנה הרב מאיר בכ' באלול ה'תרס"ו (1906) לרבה של ירושלים. מינוי זה עורר התנגדות של חוגים מסוימים בעיר, אשר האשימוהו בנטייה לציונות. מתנגדים אלו שלחו מכתבים אל החכם באשי אשר בקושטא, במגמה למנוע את אישור מינויו. הרב מאיר העדיף למנוע את המחלוקת, והתפטר מיוזמתו מן התפקיד.

בקיץ ה'תרס"ז (1907) הוזמן הרב מאיר על ידי ראשי הקהילה היהודית בסלוניקי לכהן כרב בעיר, וכיהן שם למעלה מעשור שנים. בימי מלחמת העולם הראשונה סייע לשחרורה של ארץ ישראל על ידי שהקים לגיון עברי המורכב מיהודי יוון. הרב מאיר היה בקשר מתמיד עם ראשי התנועה הציונית בארץ ישראל בעניין זה.

בשנת ה'תרע"ז (1917) פרצה שריפה גדולה בסלוניקי, אשר כילתה למעלה ממחצית מן העיר. השריפה פגעה גם בספרייתו של הרב מאיר והשמידה חידושים רבים שכתב על השולחן ערוך, בעיקר על החלקים אבן העזר וחושן משפט. הרב מאיר פעל מיידית לסייע לנפגעי השריפה, ובאמצעות קשריו עם בריטניה, סייע באספקת רופאים ותרופות, מים ועזרה לנפגעים.

בשנת ה'תרע"ט (1919), עם תום מלחמת העולם הראשונה, עזב הרב מאיר את משרתו ושב לירושלים. עם שובו נתבקש להופיע בפני הוועדה האמריקנית אשר חקרה את דעת תושבי ארץ ישראל על ההסדר המדיני הרצוי להם. הרב מאיר נאם נאום אשר הותיר רושם עמוק בליבם של חברי הוועדה.
עם ייסוד הרבנות הראשית לישראל, ביום ט"ז באדר א' ה'תרפ"א (1921), נבחר יחד עם הרב אברהם יצחק הכהן קוק לכהן כרב ראשי לישראל, והוכתר בתפקיד "הראשון לציון". בהתאם לבקשת השלטונות הבריטיים, אמור היה לקום בית דין לערעורים, הדבר עורר פולמוס רב, והרב מאיר נהג כמנהג ראשונים בסלוניקי, שם הונהג בית דין לערעורים (והרב מאיר אף זכה לעמוד בראשו), אשר אינו נוגד את המשפט העברי.

כאשר עמדה על הפרק שאלת מתן זכות בחירה לנשים בבחירות לאספת הנבחרים הראשונה (ה'תרפ"ב – 1922), והחרדים נטו שלא להשתתף בבחירות, כתב הרב מאיר, כי גם אם ההחלטה אינה במקומה – אין זה מחויב שהדתיים יפרשו מן הבחירות. ואכן, הרב מאיר השתתף ואף נבחר כחבר נשיאות אספת הנבחרים הראשונה.

בעשור האחרון לחייו כיהן בתפקידיו כראש הרבנים לארץ ישראל (שמו הקודם של תפקיד הרב הראשי לישראל), נשיא בית הדין הגדול לערעורים ונשיא מועצת הרבנות הראשית שלא על מנת לקבל שכר.

הרב מאיר נפטר בליל שבת, ט' בסיוון ה'תרצ"ט (26 במאי 1939). לאחר פטירתו מילא את מקומו הרב בן ציון מאיר חי עוזיאל, ראשית כממלא מקום, ולאחר תום ה"שלושים" (י' בתמוז ה'תרצ"ט) – כרב ראשי לארץ-ישראל.